• 文献漁りの続きを少々。
• dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
  • 今日は HDD を少し空けたので N=884 と 1000 を持ってくる。 （N=2000 を持ってきたら full になった……）。
  • 何かどれも途中でおかしくなっているな。要チェックだ。
• confinement の実装：
  • 目処が付いてきたので code を libstokes/src に移動。
  • 今のところ５種類を実装している： sphere, sphere + hole, cylinder, dumbbell, hex2d.
  • libstokes/test/test-confinement.c を書く。 CF_init のチェックと、 sphere の場合は確認した。
  • guile interface を書く。

• 2/19/2008: 参加しましょう。
• 3/13/2008: registration.
• 4/3/2008: paperwork.
• 5/12/2008: posterでaccept.
• 5/14/2008: paperwork.

しかし、私が気になるのは、週末婚が夫婦のそれぞれがアクティヴな社会的活動に従事しており、 高額の家賃を負担しても十分に単身で生活できる経済力を有しているという条件は かなり不安定なものではないかということである。
例えば、週末婚配偶者の一方が病気になったり、失職した場合に、 他方の配偶者はこれにどう対応するのであろう。
……
週末婚は「強者カップル」においては可能だが、 一方の配偶者が弱者になれば破綻の危機に瀕するということである。
……
実情は「弱者の切り捨て」ということである。

昔、あるインディペンデントな夫婦を知っていた。 夫婦それぞれ仕事を持ち、相当な年収を得て、お互いを束縛せずに、 異性関係を含めてかなり自由に活動していた。 そういうのもありなのかしらと私は眺めていた。 その妻があるとき病気になった。 脳内出血で意識を失ったのである。 しばらく植物人間状態が続いたあと、夫は妻を実家に送り返した。 荷物みたいに。

私たちは必ず年老い、病み、仕事を失い、心身の機能が低下する。 親族はそのようなときのための「安全保障」の装置である。 だから、私たちは自分の親族のうちに、 幼児や老人や病人や障害者をフルメンバーとして受け容れている。 私たちはかつて幼児であり、いずれ老人になり、高い確率で病人や障害者になる。 そのときの「弱い私」をフルメンバーとして敬意を以て接してくれるような 共同体を構築するために、「強い」ときに、 持てるリソースの相当部分を彼らのために割くのである。

結婚の誓言は「富めるときも貧しきときも、 健やかなるときも病めるときも」という条件を課している。 現に、富めるときや健やかなるときに私たちは親族を必要としない。 いくらでも友だちがおり、取り巻きがおり、どこでも歓迎されるからだ。 しかし、貧しいとき、病めるときには、かつての知友は知らない顔をして通り過ぎてゆき、 どこの家のドアも開かない。 親族はそのようなrainy day のためのものである。 貧しいとき、病めるときでも、親族は見捨てない。

そのことを知っていたからこそ、 さきほど例に挙げた夫は昏睡状態の妻をその「親族」に送り返したのである。

• dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
  • 途中で変な値が紛れ込んでいるように見えた N=136 をやり直してみたが、 また変な事になっているみたい。 dt が大きすぎるのかな？
  • stncdump.py の -step option で time もコメントとして表示するようにする。
  • HDD がいっぱいなので、その他の新しい結果は N=400 のみ。 こいつもまた途中でおかしな挙動をしている。やっぱり dt が大きいのだろうか？
• confinement の実装：
  • 平衡状態の次のターゲットとして、少し色気のある話ということで。
  • 実装開始。
    • 簡単なものから実装するのがいいかもしれないが、 いつものようにまず本丸（hex2d）を攻めてみる。
    • 悪くなった頭で幾何学をボチボチと。
    • ついでなので dumbbell も組んだ。
    • テストの方法を考えておかないといけない。
  • 関連する文献を漁っておく。

• 2/19/2008: 参加しましょう。
• 3/13/2008: registration.
• 4/3/2008: paperwork.
• 5/12/2008: posterでaccept.
• 5/14/2008: paperwork.

• FENE 用の EV の SCM parser を実装。
  • EV なしの場合は空の list を与えるようにしているのだけど、 それだと warning を出すのがみっともないので。
  • 同様な振る舞いは、粒子半径と slip length にもある。 こいつらはまた時間があるときに。
• EV for FENE の debug:
  • EV を入れても結果が全然変わらないので、チェック。
  • 紙の上の式と実装でまたまたスケーリングが混乱しまくっている。
    • ノート（WORK/tex/note/20070507-dna/dna.tex）を整理する。
    • そのように実装する。
  • 根本的な間違いを発見。 bonds->fene の 0 と 1 を取り違えていた。 （自分で決めておいてこれだからな……）
• noHI-EV シリーズを計算：
  • 分布は広がった（それらしく）。
  • 拡散係数 D は「全く」変化なし。こういうものか？
  • 緩和時間 Tr は遅くなっている。
• HI-EV に進んでみよう。

• 既存の（基本的な）理論をおさらいするために、 また Doi-Edwards を家から持ってきた。
• FENE の検証：
  • 最初、一般的なパラメータのめどをつける。
  • TP でぼちぼち行ってみる。 N=11 - 201 まで。

• 未だに code の信憑性に疑いを捨てきれない。 今回は noHI と HI の結果の差。
  • 昨日の計算の結果の一部を解析、静的な量は変化なしだが、 動的な量で変化があった。
  • このずれは本質的なものだと思っていたのだが、 よく見ると、このずれが前にスケーリングの bug を見つけたときと同じ、 ちょうど粒子サイズだったから。
• 最新のコードで確認計算。
  • N を振って挙動を押さえる。
  • N が小さい極限で noHI と HI の一致が見られ、 それぞれ別のスケーリングに乗っていることも確認。
  • ということで、今回の差が粒子サイズだったのは偶然だった、つまり たまたま N=20 の点で見ていた、ということで、一件落着。

• noHI の bottlenecks（5/3/2008の話）:
  • start-up 時のそれは exclusion list の生成に時間を食っていることが判明。
    • その後の main loop は問題ない performance だ。
    • 目的は近接粒子間の lub を除くためなので、 暫定的に noHI の場合か lub なしの時は skip するようにしておく。
  • siPC が遅い件：
    • GSL を使っているのだが、 bottleneck は gsl_multiroot_fsolver_set という初期化部分だ。 何でこいつがこんなに遅いのか分からないが……。
• stokes3 の dt の意味を変える。
  • これまでは出力間隔だったものを integrator への時間刻みとし、 出力間隔は nout というパラメタを導入して指定する。
  • 昔の st!=0 のための ncol は nout で置き換え。
  • これで BD の結果を間引いてファイルを小さくできる。
  • 最初は小手先の修正でごまかそうと思っていたのだが 結局、大幅な修正になってしまった。しかし、うまく収まってくれた。
• 長い DNA の config を作る script を書く。
  • もうそろそろ手で書くのは限界にきたので。
  • とりあえず straight だけだけど、書いた。
• 長めの dWLC を noHI で、 bue9 に投入しておく。

• しかるべく、昨日のノートにしたがって、今度こそ正しく scaling を実装。

• これまでの話を tex note (WORK/tex/note/20070507-dna/simple.tex) にまとめる。
• この過程（これまで曖昧に泥縄で行っていたことを始めから終わりまで通して書くという） で、何と昨日までやっていた修正も間違いであることが発覚したよ、 ありゃりゃりゃ……。
• 5/6/2008: 実装。

• スケーリングの bug 修正：
  • dWLC の計算で再検査。
    • 手抜き実装（で overhead があると思うの）だが、 performance にはそれほど影響はない。
• noHI でチェックしてみようとしたが、 performance が想像以上に悪すぎる。
  • implicit だと、まず徹底的に遅い。
  • explicit でも start-up に時間が非常にかっていて、おかしい。
  • 5/7/2008: とりあえずの処置。

• F^B の計算。修正、終了。
• 4/30/2008: bug 発覚。

• 5/1/2008: ５月号
• 4/1/2008: ４月号
• 3/3/2008: ３月号
• 2/1/2008: ２月号
• 1/7/2008: １月号
• これ以前は １２月号のリンクから。

（国家や社会は、そして金融機関やマスコミは） ようするに本気の“修練”や“再生”などはしてほしくない。
…
バウマンのコミュニティ論であるが、 その結論は「このままではコミュニティは際限なく衰退していくばかりだろう」 というものになっている。

（そう結論づけたくなる原因は）まず第１に、 「放っておいてほしいんだ」「どこにも属したくないんだ」 と言いたい連中が急激に広まっているということがある。

第２には、このような脱領域的感覚が、 一方では「クール」だともてはやされてしまったことがある。
…
ようするに「親密はわずらわしい」「本気は勘弁してほしい」ということである。 かつてなら、これはセーレン・キルケゴールによって厳密に 「絶望に至る病」とよばれていたのだが、いまではこれがクールでカッコいいことになった。
…
これでは本気のコミュニティなどできるわけがない。 せいぜいブログやミクシィで疑似コモンズに遊ぶ程度のことだろう。 しかし本当のコミュニティは「本気になるのは勘弁してね」ではなくて、 「勘弁を本気でつないでいくこと」にこそ始まるものなのである。

第３には、そうした感覚がいまや「新たなアイデンティティ」をもたらすという “勘違い”を決定的にもたらしつつあって、 それが社会における流動性をさらに加速させているというふうにもなっているということだ。
…
このことは、イギリスのゲイ社会学者ジェフリー・ウィークスが 「コミュニティの物語が本当らしく聞こえないときに、 アイデンティティの物語がやかましくなる」と言っていることや、 犯罪学者のジョック・ヤングが「コミュニティが壊れるとアイデンティティの立証が 社会の表面を覆う」と指摘していることにもあらわれている。

２１世紀の現在日本は、かなり多くの信頼と紐帯を「信用の代用品」や 「紐帯の代理品」に任せてしまっている。
…
自分自身が選んで参加した「判断力のコミュニティ」や「価値観のコミュニティ」など、 どこを探しても見つからない。
つまりは代理や代用ばかりに頼って、 「縁」や「絆」を実感できない社会になっていけばいくほど、 そこで得られる安心や安全はどんどん薄っぺらなものになっていくだけなのだ。

それならもうそろそろ、「同化」か「衰亡」かという二者択一に、 また「保守」か「排他」かという二者択一に、 さらには「大きな政府」か「小さな政府」かという二者択一に、 踊らされないほうがいい。 それらはすべてデュアル・スタンダードだってかまわなかったのだ。

ウルリッヒ・ベックは、社会システムの矛盾を追い払うには、 「一人一人が伝記的に解決する」ために集まった場を創発的にもつしかないと提案し、 リチャード・ローティはコミュニティに必要なのは「厚みのある記述」だとさえ言ったのだ。 伝記的に、厚みをもって、諸君、諸君が属するコミュニティをもっと痛快にしていきなさい。

• 引用：

  『大衆の反逆』は、まず大衆がけっして愚鈍ではないこと、 大衆は上層階層にも下層階層にもいること、その全体は無名であることを指摘する。
  
  オルテガによれば、大衆の特権は「自分を棚にあげて言動に参加できること」にある。
  
  オルテガは20世紀になって甚だしくなりつつあった科学の細分化に失望していた。 科学は「信念」を母体に新たな「観念」をつくるものだと思っていたのに、 このままでは「信念」は関係がない。細分化された専門性が、 科学を世界や社会にさらすことを守ってしまう。 こんな科学はいずれそれらを一緒に考えようとするときに、かえってその行く手を阻む。 それはきっと大衆の言動に近いものになる。
  
  ぼくはオルテガの大衆論を諸手では迎えない。
  ……
  たとえば、オルテガがエリートと大衆を分けているのは、もう古い。 古いだけではなく、まちがってもいる。 いまではエリートも大衆に媚びざるをえなくなっているからだ。
  ……
  ひとつは、オルテガのように大衆と対決する哲人は、 もう資本主義のさかんな国にはあらわれないんじゃないかという感慨だ。
  ……
  もうひとつは、大衆の解体は何によっておこるのだろうかという疑問のような感慨だ。

• どうも私は「大衆」に対して「アンチ」し続けてきたということに尽きるみたい。 結果として内面に籠もる方向に進んできた、と。 誤解されてそうだけど（別に誤解されることは悪くないとは言うけれど）、 「社会」を避けてきたというつもりはなかった。 避けてきたのは、中身より効率を求める「軽薄な大衆」だった。 まがいものじゃないものを求めていたら、重心からどんどん外れた辺境にいた、 というのかな。（ちょうど社会に出るというタイミングが、 バブリーな社会の最盛期だった人間の感慨。愚痴ではない。）
• こういう世の中での「生きるすべ」ってのは、 なかなか難しい問題だ（ね？）、と付加疑問。

• スケーリング bug の修正：
  • 昨日の案どおり、表面的な対応で実装。
  • 既存の結果が不変なことは確認済み。
• ついでに、気になっていた「stokes-nc の shear_mode 問題」も対応。
• もう一つ気になっている「stokes3 の continuation 問題」も 一部（step のカウント間違い）対応。
  • random number も引き継げるようにしたいが、それはまた今度。
• 修正コードで dWLC の再計算：
  • が、何かおかしい。根本的におかしい。静的な量が既におかしい。
  • scale した config (a=1) で計算してみる。これもおかしい（先と逆の傾向）。
  • 帰りの車の中で、１つ気がついた。 F^B への対応を忘れている。
    • だけど、これは scale した挙動の説明にはならないなあ……
    • 5/2/2008: 修正済み。

• アナロジーはアナロジーに過ぎなくて、もちろん違いもある。 研究者は同業者相手だけど、音楽家は大衆が target （ファンが正しいかもしれないが、決して同業者が majority ではない）。 この違いは多分大きい。

• FENE 版の解析：
  • 不一致(4/26/2008)の原因が分かった。使われている粘性が極端に大きい値だったものを、 私が標準的な水のそれで計算していた。
  • しかるべく換算し、期待した値になっていることを確認した。
  • ということで、今のところ noHI は OK, FENE も OK, dWLC だけがおかしい、 という状況にまで追い詰めた。
• dWLC のチェック：
  • やはりどう考えても無次元化のどこかでおかしなことになっていると思って、 無次元化の過程をおさらい。 Fでno Brownianで確認。そこにBrownianを入れて問題なさそう。
  • 見つけた！ 流体問題のスケーリングを粒子毎に行っていた（poly化の際に導入したもの） ことによる問題だ。
    • こいつは、よく考えると深刻なbugだ。
    • 冷や汗をかなりかいたが、 幸い、これまでやってた計算（先日の論文の結果）には直接影響はなかった。
    • 今回の件も時間スケールを変換する必要があるだけだった。 実際にこれで diffusion coef. が期待された値に収まった。
• code の修正：
  • 結構coreな部分に関わる問題なので、対応に悩む。
  • 不満ではあるが、事態が収束するまでの時間を考えて、 （まずは）表面的な対応をすることにする。
  • 4/30/2008: 実装。

• noHI の libstokes 本体への組み込み：
  • noHI な solver も作って、きれいに完成。
  • 土曜にやったテストで確認。
    • new stoke3 でもまったく同じ結果を再現できた。

• noHI の libstokes 本体への組み込み：
  • まずは calc_brownian_force に noHI モードを追加。

• 家の書斎（２階）の床の上とリビング（１階）の机の上に山積みされている論文の山から、 ここのところの関連文献をピックアップして、リビングの床にぶちまける。 おかげで、ここのところずうっと押さえておきたいと思っていた論文を発掘できた。
  • 一応、日曜の夜には撤収する予定（リビングの床から）。
• DH の実装：
  • stokes3 への組み込み、完了。
• FENE の解析：まずはN=11。
  • R および Rg の分布は、期待された値のまわりにきれいに分布している。
  • しかし dynamical な量は何かずれている。換算の問題か？
  • 4/29/2008: 解決。
• noHI の追加：
  • テスト実装、開始。出来た。
  • 実験：粒子系 N=2 で Brownian motion を検証してみる。
    • 期待されるように D = msd / 6t = 1 となった。
  • 4/28/2008: 本番の（再）実装版でも確認。

• DH の実装完了。テスト終了。(libstokes レベルの話。)

• 4/25/2008: 発送した、普通郵便で。