• 今月の月刊レポート用。 まあそれから論文に向けた草稿用でもある。

• 5/2/2008 に考えたこと。
• で、いくつか（偶然見つけた類の、という）論文を教えてくれたので、印刷しておく。

• 5/29/2008: ピックアップしてきた。

• 景品 - NINT のネーム入りの memory stick 512MB(!)

  umass0: PINGTEC Flash Disk, rev 2.00/1.00, addr 2
  da0 at umass-sim0 bus 0 target 0 lun 0
  da0:  Removable Direct Access SCSI-2 device 
  da0: 40.000MB/s transfers
  da0: 497MB (1019392 512 byte sectors: 64H 32S/T 497C)
  tpr60# mount -t msdos /dev/da0s1 /mnt
  lstpr60# ls /mnt
  tpr60# df
  Filesystem  1K-blocks     Used   Avail Capacity  Mounted on
  /dev/da0s1     509424       16  509408     0%    /mnt
     

  ううむ、 512MB というラベルに偽りはなかった…… （何かの間違いかなとちょっと期待してた）。まあ、おまけだからな。
• ポスター・セッション。
  • 6/2/2008: 月刊レポート、６月号。

• 結局、週末の間に仕上がらなかったので、 今日中にできるだけ早く完成させて大学に行って印刷しようと思っていた。 何しろ水曜からの conference なので、 今日印刷のオーダーを出さないと間に合わない、という切羽詰まった状況。
• 昨日寝る前に早く起こしてとお願いしたとおりに起こしてもらう。
• かおの windows machine に入っている、 その昔日本にいる頃にかお用に買った office の powerpoint で、シコシコと。 何でポスターを powerpoint でとは昔から思うけど。 まあ絵をレイアウトするという意味ではスライドもポスターも同じなんだけど。 慣れてないこともあるんだろうが、すべて GUI でやるのに疲れた……。
• 気づいたらお昼を過ぎ、気づいたら５時をまわり、 結局印刷のオーダーを（オンラインで）したのが夜の１０時近かったな。 しかし何とか完成できたのでよしとしよう。
• 5/27/2008: 印刷、完了。

• まだまだヒーコラ言っている。
• 午後、一度大学に計算結果を回収に出かける。 しかし、当てにしていた計算がまだ終わっていなかった。 待っててもしょうがないので、帰宅。
• その後もずっと格闘していたが、結局２時過ぎに眠くて断念。 一旦休むことにする。

• 休日出勤。
• 丸々一日を潰す。が、まだ計算中。 つまり、これから解析したり絵を作ったりする予定。
• 帰宅途中、 A&W に寄ってジャンクフードを買って帰る。

• CF-porous:
  • 平衡の結果が上がっていた。 解析するが sphere との違いが見られない……まいった。
• CF-sphere:
  • 追加計算を解析。 こっちも何か面白みがあまりない結果だ。
  • 現状、ただ dumbbell や hex2d 用の初期配置準備計算といったところだな。
• CF-cylinder:
  • 現状で解析。 欲しい所を見極めて流しておく。
• HI
  • shear と pressure-driven 用に、平衡から初期配置を 20 個ほど取り出す。
  • 流せるだけ流しておく。

• 固定粒子系の問題：
  • 外力ありはそれっぽいが、外力なしの場合は依然、何か変。
• HI in porous:
  • EV抜きの計算は今のところ良好。 固定粒子をすべって、下に抜けそうなところまできている。
  • 完全に抜けるところを見るために、続きをする。
• 力学的な反発力を入れることにする。
  • LJ 的な repulsive で実装。
  • stokes3 で使える所まで完了。
• CF-sphere:
  • これまでの結果を解析。
  • まだ平衡に達してないかもしれないので、追加計算を BUE9 に仕込んでおく。
  • ついでに、少し大きめな系も。
• CF-porous:
  • これまでの結果を解析。
  • サイズに対して系統的でないが、これもまだ平衡に達していないか？
• CF-cylinder:
  • これまでの結果を解析。
  • これまた平衡に至ってないものが結構多い。順次 continue しておく。
  • 解析コードを改造、 extension を見れるようにする。
  • で結果を見る。実験の論文があって、結構おもしろそうになってきた。

• bonds も angles も NULL が no interaction にした。
• が、どうもコードのどこかで NULL ではいけない処理をしているみたい……。要検証。

• 固定粒子系の問題：
  • 怪しいと目星をつけていた lub の poly, 一通り見たが、間違いは発見できず。
  • なので簡単な状況からどんどん詰めていく：
    • １自由、１固定で粒子サイズを振って、問題ないことを確認。
    • 固定を８に増やす。これも問題ない。
    • ここまでは non-Brownian. ここで Brownian に移行。そっちでも問題無し。
    • bond を入れる。問題無し。
    • bond + angle 問題無し。
    • bond + angle + EV で、出た。つまり EV が問題の原因らしい。
  • ev-dh.c と ev-dh-guile.c を眺めてみるが、問題ないみたい。

• HI 込み flow 中の DNA：
  • HI 版 porous から。 初期配置を作るのが第一歩だな……。
• confinement 系：
  • porous でトラブる。
    • 原因は初期配置で overlap 回避にジグザグ配置を作ったのだが、 とんがっている部分が不安定になってた（当たり前）。
    • むしろ straight から LJ を緩めて始めて、ゆっくり絞っていく方がよい （手間はかかるけど）。
• stokes3.c の外力の扱いが、 poly の時にいらぬお節介をしている。
  • そうした当時の理由が既に記憶にないが、 むしろ直接指定できるようにする方がよいので、 取り合えず comment out しておく。
• 何かしかし思うように動かないなあ……。

• 週末からやってた cylinder 系の追加計算を流しておく。
• sphere 系：
  • 初期配置の準備。 平衡からサイズに収まりそうな奴を抜き出す。
  • ２つほど流しておく。
• hex2d 系：
  • いくつか bug を潰す。
  • straight config から走らせるが、ダメだ。
  • より simple な dumbbell でもダメ。

中世までの世界では、「質」がさまざまな部分に染み出していた。
……
けれども、魔術が科学におきかえられてしまってからは（錬金術が化学になって以降は）、 「量」と「質」とはまるで敵対関係のようになった。 かつてマックス・ウェーバーはその歴史的光景を「世界の魔法が解けていく」と描写した。
……
バーマンは、この魔術から科学への変容によって「ミメーシス」という世界観も がたがたと解体していったことを強調していて
……
ミメーシスとは何かというと、語り手に聞き手が身を寄せるということである。 すべての知識を、身体的に、演劇的に、感応的に解釈するということである。
……
このミメーシスを取り戻すことをバーマンは考えつづけた。 そして最終的にはグレゴリー・ベイトソンの『精神の生態学』（４４６夜） に行きついたのであるが、そこへ行くまでが苦労の連続だった。 なぜなら、そこには“いわゆるオカルト学”が手を替え品を変えて待ち伏せしていたからだ。 グノーシス、ヘルメス学、拡張アグリッパ、延長パラケルスス、ボヘミア主義、 近代カバラ、シュタイナー（３３夜）、ライヒ、カスタネダ（４２０夜）‥‥。
……
というわけで、バーマンは一挙に「デカルトからベイトソンヘ」というふうに 転換したわけではなかったのだが、 そしておそらくはニューエイジ・サイエンスをあらかた渉猟したのだろうが、 いったんベイトソンの視点に辿り着いてからは、 今度はその視点や思想によって「世界は新たな再魔術化が可能ではないか」 というふうな論旨に進んでいった。
……
（この「再魔術化」という用語は） 「新たに魅了する」ということが主題になっていると見たほうがいい。 フランス語では「アンシャンテ！」（enchant）といえば、 「うん、すっかり気にいった」と意味になるけれど、だいたいはそれに近くて、 体ごと気にいった世界観をどのようにつくるかというのが、 バーマンの言いたかったことなのである。 それをベイトソンに学ぼうというのだ。
……
ところでバーマンは、現代の社会がこのようなベイトソン的世界観をもつためには、 その他の役に立ちそうないくつかの応援隊も繰り出している。
その一つは、マイケル・ポランニー（１０４２夜）の「暗黙知」への着目だ。
……
二つ目は、レヴィ＝ストロース（３１７夜）が重視した「野生の思考」のようなものを、 現代人だってその見方と感情を含めてもつべきだろうということだ。
……
三つ目の応援隊には、いろいろのヒントの提供者がまじっている。 たとえばウィリアム・ライヒのオルゴン・エネルギー説であり、 ジュリアン・ジェインズのバイキャメルラル・マインド論である。 あるいはロバート・ブライのグレートマザー感覚の重視や 仏教的な因果律の大切さといったものだ。

こうしてバーマンが最後に提案するのは、ちょっと意外かもしれないが、 「意識の政治」の確立というものなのだった。
……
むしろぼくとしては、それを「意識の政治」と名付けたいのなら、 安全や安心をばらまくのが政治なのではなく、 不安の解消を「新たな意味の誕生」によって充当したほうがいい、と言いたいところだ。

• BD の相互作用の一連の guile parser の名前がまちまちなので、 [構造体]_guile_get という形式に統一しておく。

• dWLC-EV について：
  • 何か結果があまり変化してないので、疑惑を感じ、ちょっとチェック。 式や無次元化の過程には問題なさそう。
  • cut-off の指定方法を、精度を与えて exp 因子から見積もる形式に変更。
• confinement 系：
  • guile parser のテストコードを書いて、チェックする。終了。
  • stokes3 に組み込む。

• dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
  • 昨日の dWLC-noHI-EV シリーズ、終わっているものを回収。
  • 今渡こそ noHI の N=2000 を持ってきて解析。 が、こいつも何か飛んでる瞬間があるな……
• confinement 系：
  • まず、力の形を選定する。 色々考えたが、結局 LJ type 一本にしておく。
  • struct confinement を修正して、実装完了。チェック済み。
  • guile parser も改訂。こっちは未チェック。

• 文献漁りの続きを少々。
• dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
  • 今日は HDD を少し空けたので N=884 と 1000 を持ってくる。 （N=2000 を持ってきたら full になった……）。
  • 何かどれも途中でおかしくなっているな。要チェックだ。
• confinement の実装：
  • 目処が付いてきたので code を libstokes/src に移動。
  • 今のところ５種類を実装している： sphere, sphere + hole, cylinder, dumbbell, hex2d.
  • libstokes/test/test-confinement.c を書く。 CF_init のチェックと、 sphere の場合は確認した。
  • guile interface を書く。

• 2/19/2008: 参加しましょう。
• 3/13/2008: registration.
• 4/3/2008: paperwork.
• 5/12/2008: posterでaccept.
• 5/14/2008: paperwork.

しかし、私が気になるのは、週末婚が夫婦のそれぞれがアクティヴな社会的活動に従事しており、 高額の家賃を負担しても十分に単身で生活できる経済力を有しているという条件は かなり不安定なものではないかということである。
例えば、週末婚配偶者の一方が病気になったり、失職した場合に、 他方の配偶者はこれにどう対応するのであろう。
……
週末婚は「強者カップル」においては可能だが、 一方の配偶者が弱者になれば破綻の危機に瀕するということである。
……
実情は「弱者の切り捨て」ということである。

昔、あるインディペンデントな夫婦を知っていた。 夫婦それぞれ仕事を持ち、相当な年収を得て、お互いを束縛せずに、 異性関係を含めてかなり自由に活動していた。 そういうのもありなのかしらと私は眺めていた。 その妻があるとき病気になった。 脳内出血で意識を失ったのである。 しばらく植物人間状態が続いたあと、夫は妻を実家に送り返した。 荷物みたいに。

私たちは必ず年老い、病み、仕事を失い、心身の機能が低下する。 親族はそのようなときのための「安全保障」の装置である。 だから、私たちは自分の親族のうちに、 幼児や老人や病人や障害者をフルメンバーとして受け容れている。 私たちはかつて幼児であり、いずれ老人になり、高い確率で病人や障害者になる。 そのときの「弱い私」をフルメンバーとして敬意を以て接してくれるような 共同体を構築するために、「強い」ときに、 持てるリソースの相当部分を彼らのために割くのである。

結婚の誓言は「富めるときも貧しきときも、 健やかなるときも病めるときも」という条件を課している。 現に、富めるときや健やかなるときに私たちは親族を必要としない。 いくらでも友だちがおり、取り巻きがおり、どこでも歓迎されるからだ。 しかし、貧しいとき、病めるときには、かつての知友は知らない顔をして通り過ぎてゆき、 どこの家のドアも開かない。 親族はそのようなrainy day のためのものである。 貧しいとき、病めるときでも、親族は見捨てない。

そのことを知っていたからこそ、 さきほど例に挙げた夫は昏睡状態の妻をその「親族」に送り返したのである。

• dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
  • 途中で変な値が紛れ込んでいるように見えた N=136 をやり直してみたが、 また変な事になっているみたい。 dt が大きすぎるのかな？
  • stncdump.py の -step option で time もコメントとして表示するようにする。
  • HDD がいっぱいなので、その他の新しい結果は N=400 のみ。 こいつもまた途中でおかしな挙動をしている。やっぱり dt が大きいのだろうか？
• confinement の実装：
  • 平衡状態の次のターゲットとして、少し色気のある話ということで。
  • 実装開始。
    • 簡単なものから実装するのがいいかもしれないが、 いつものようにまず本丸（hex2d）を攻めてみる。
    • 悪くなった頭で幾何学をボチボチと。
    • ついでなので dumbbell も組んだ。
    • テストの方法を考えておかないといけない。
  • 関連する文献を漁っておく。

• 2/19/2008: 参加しましょう。
• 3/13/2008: registration.
• 4/3/2008: paperwork.
• 5/12/2008: posterでaccept.
• 5/14/2008: paperwork.

• FENE 用の EV の SCM parser を実装。
  • EV なしの場合は空の list を与えるようにしているのだけど、 それだと warning を出すのがみっともないので。
  • 同様な振る舞いは、粒子半径と slip length にもある。 こいつらはまた時間があるときに。
• EV for FENE の debug:
  • EV を入れても結果が全然変わらないので、チェック。
  • 紙の上の式と実装でまたまたスケーリングが混乱しまくっている。
    • ノート（WORK/tex/note/20070507-dna/dna.tex）を整理する。
    • そのように実装する。
  • 根本的な間違いを発見。 bonds->fene の 0 と 1 を取り違えていた。 （自分で決めておいてこれだからな……）
• noHI-EV シリーズを計算：
  • 分布は広がった（それらしく）。
  • 拡散係数 D は「全く」変化なし。こういうものか？
  • 緩和時間 Tr は遅くなっている。
• HI-EV に進んでみよう。

• 既存の（基本的な）理論をおさらいするために、 また Doi-Edwards を家から持ってきた。
• FENE の検証：
  • 最初、一般的なパラメータのめどをつける。
  • TP でぼちぼち行ってみる。 N=11 - 201 まで。

• 未だに code の信憑性に疑いを捨てきれない。 今回は noHI と HI の結果の差。
  • 昨日の計算の結果の一部を解析、静的な量は変化なしだが、 動的な量で変化があった。
  • このずれは本質的なものだと思っていたのだが、 よく見ると、このずれが前にスケーリングの bug を見つけたときと同じ、 ちょうど粒子サイズだったから。
• 最新のコードで確認計算。
  • N を振って挙動を押さえる。
  • N が小さい極限で noHI と HI の一致が見られ、 それぞれ別のスケーリングに乗っていることも確認。
  • ということで、今回の差が粒子サイズだったのは偶然だった、つまり たまたま N=20 の点で見ていた、ということで、一件落着。

• noHI の bottlenecks（5/3/2008の話）:
  • start-up 時のそれは exclusion list の生成に時間を食っていることが判明。
    • その後の main loop は問題ない performance だ。
    • 目的は近接粒子間の lub を除くためなので、 暫定的に noHI の場合か lub なしの時は skip するようにしておく。
  • siPC が遅い件：
    • GSL を使っているのだが、 bottleneck は gsl_multiroot_fsolver_set という初期化部分だ。 何でこいつがこんなに遅いのか分からないが……。
• stokes3 の dt の意味を変える。
  • これまでは出力間隔だったものを integrator への時間刻みとし、 出力間隔は nout というパラメタを導入して指定する。
  • 昔の st!=0 のための ncol は nout で置き換え。
  • これで BD の結果を間引いてファイルを小さくできる。
  • 最初は小手先の修正でごまかそうと思っていたのだが 結局、大幅な修正になってしまった。しかし、うまく収まってくれた。
• 長い DNA の config を作る script を書く。
  • もうそろそろ手で書くのは限界にきたので。
  • とりあえず straight だけだけど、書いた。
• 長めの dWLC を noHI で、 bue9 に投入しておく。

• しかるべく、昨日のノートにしたがって、今度こそ正しく scaling を実装。

• これまでの話を tex note (WORK/tex/note/20070507-dna/simple.tex) にまとめる。
• この過程（これまで曖昧に泥縄で行っていたことを始めから終わりまで通して書くという） で、何と昨日までやっていた修正も間違いであることが発覚したよ、 ありゃりゃりゃ……。
• 5/6/2008: 実装。

• スケーリングの bug 修正：
  • dWLC の計算で再検査。
    • 手抜き実装（で overhead があると思うの）だが、 performance にはそれほど影響はない。
• noHI でチェックしてみようとしたが、 performance が想像以上に悪すぎる。
  • implicit だと、まず徹底的に遅い。
  • explicit でも start-up に時間が非常にかっていて、おかしい。
  • 5/7/2008: とりあえずの処置。

• F^B の計算。修正、終了。
• 4/30/2008: bug 発覚。

• 6/2/2008: ６月号
• 5/1/2008: ５月号
• 4/1/2008: ４月号
• 3/3/2008: ３月号
• 2/1/2008: ２月号
• 1/7/2008: １月号
• これ以前は １２月号のリンクから。