ryuon

• WLC:
  • noHI の bottlenecks（5/3/2008の話）:
    • start-up 時のそれは exclusion list の生成に時間を食っていることが判明。
      • その後の main loop は問題ない performance だ。
      • 目的は近接粒子間の lub を除くためなので、 暫定的に noHI の場合か lub なしの時は skip するようにしておく。
    • siPC が遅い件：
      • GSL を使っているのだが、 bottleneck は gsl_multiroot_fsolver_set という初期化部分だ。 何でこいつがこんなに遅いのか分からないが……。
  • stokes3 の dt の意味を変える。
    • これまでは出力間隔だったものを integrator への時間刻みとし、 出力間隔は nout というパラメタを導入して指定する。
    • 昔の st!=0 のための ncol は nout で置き換え。
    • これで BD の結果を間引いてファイルを小さくできる。
    • 最初は小手先の修正でごまかそうと思っていたのだが 結局、大幅な修正になってしまった。しかし、うまく収まってくれた。
  • 長い DNA の config を作る script を書く。
    • もうそろそろ手で書くのは限界にきたので。
    • とりあえず straight だけだけど、書いた。
  • 長めの dWLC を noHI で、 bue9 に投入しておく。