ryuon

• WLC:
  • HI 込み flow 中の DNA：
    • HI 版 porous から。 初期配置を作るのが第一歩だな……。
  • confinement 系：
    • porous でトラブる。
      • 原因は初期配置で overlap 回避にジグザグ配置を作ったのだが、 とんがっている部分が不安定になってた（当たり前）。
      • むしろ straight から LJ を緩めて始めて、ゆっくり絞っていく方がよい （手間はかかるけど）。
  • stokes3.c の外力の扱いが、 poly の時にいらぬお節介をしている。
    • そうした当時の理由が既に記憶にないが、 むしろ直接指定できるようにする方がよいので、 取り合えず comment out しておく。
  • 何かしかし思うように動かないなあ……。