■ryuon

• 高速な implicit algorithm の実装、 libstokes への merge:
  • 今日は thinkpad が使えないので、作業は bue9 で行う。やれやれ。
  • bue9 上で test の確認：
    • 一つ memory 関係のトラブルに出会う。
      • 調べると allocation size が間違って小さかった。 これでエラーになるというのは、 linux の仕様なのかな？
      • いずれにせよ、見落としがちな bug が落ちて助かった。
    • あれれ NITSOL が解けていない模様……。 これは少し置いておく。
  • merge に向けてコードの整理：
    • 既存の struct bonds を置き換える方針で、 そのように今書いている code を整理する。
  • 新旧の構造体での比較：
    • 特に performance が気になるので、押さえておく。
    • どのレベルで比較するか迷ったが、 calc_force level で一発にする。
    • 出来た。結果は完璧に同じ。時間はほとんど同じ。
    • ということで merge に go sign が出た。
  • plan:
    1. exclusion list は置いておいて、 既存の bonds を新しい BONDS に置き換え、 GROUPS を組み込む。
       • 7/16/2008: BONDS done.
       • 7/17/2008: GROUPS done.
    2. fastSI を組み込む。
       • 7/26/2008: コードの組み込み完了。
       • 8/11/2008: （ほとんど）終了。
    3. exclusion list を考え直す。 多分 GROUPS ベースで書き直すのがよいのだろう。
    4. exclusion list の生成 algorithm をきちんと文書化しておく。
  • 今日の最後に、 BONDS 用の guile wrapper を bonds-new-guile.c に書いておく。

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