ryuon

• 高速な implicit algorithm の実装、 libstokes への merge:
  • 旧 bonds から新 BONDS への変更を断行：
    • bonds-groups は（まだどこでも使われていないが）そのまま import.
    • bonds と bonds-guile は bonds-new と bonds-new-guile で置き換え。
      • plan 通り、とりあえず struct list_ex は外しておく。
    • 旧 bonds を使っているものを新 BONDS に書き換え。
    • excluded-volume の処理を書き直す。
      • これまでの実装が旧 bonds べったりだったため。
      • それなりの理由はあったけど、設計が悪いということで、 bonds と独立に書き下ろす。
      • guile の wrapper (excluded-volume-guile) も書き換えた。
    • これで終わったかと思ったら、 stokes->ex_lub をコメントアウトしておく必要があった。 （struct list_ex を外しておくため。）
    • 現状でテストを確認。
      • list-ex のチェックは（もちろん）はずす。
      • 何か全部問題なく動いているみたい（半信半疑）。 ……あ、当たり前か。よく見たら陽に bonds をチェックしていないや。
    • で、今までなかった bonds のテスト・コードを書く。 guile wrapper のチェックのみ(check-bonds-guile.c)。
    • あと、今回書き直した excluded-voulme についてもテストが同様になかったので、 これまた guile wrapper のみチェックを書いておく(check-excluded-volume-guile.c)。
      • 一瞬、うまく動いていないなくて焦るが。 変数の次元ありとなしの混同だった。
    • ということで、 phase 1 終了。 （cf. 7/14/2008）
    • 7/17/2008: と言いつつ、 phase 1 の残り部分があった。