2008年5月

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コメントははてなにどうぞ。あと lc というリンクは local copy で、サーバーには置いてません。

5/15 (Thu)

調べのもをしていて TOUR なんてものを見つけた。
- TOhoku University Repository の略らしい。まあそんなもの、どうでもいいけれど。
- あるかなと思って見たら、紀要だけだったけれど、あった。
  "Particle-Scale Dynamics of Fluidized Beds(Abstracts of Doctoral Dissertations,Annual Report (from April 1996 to March 1997))"
  そういえば、こういうものを準備しろと言われたかもしれない。まあ全然たいしたものではないですが。件の論文は（日本語で）いつもの場所に置いてあるので、興味のある方はどうぞ。
- Ｄ論といえば、そのむかし基研が「博士論文を archive しよう」とか言ってたのに送ったことがあったけれど、そのサイト、閑古鳥すら寄り付かないような恐ろしい状況のままだなあ。あれは何がいけなかったんだろうか。

5/14 (Wed)

[phys]nanoプロジェクト
- nanoforum の書類手続、担当者に渡しておく。
- 経過：
  - 2/19/2008: 参加しましょう。
  - 3/13/2008: registration.
  - 4/3/2008: paperwork.
  - 5/12/2008: posterでaccept.
  - 5/14/2008: paperwork.
[phys]お勉強
- Phys.Fluids の最新号から一本。
[phys]ryuon
- WLC:
  - 文献漁りの続きを少々。
  - dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
    - 今日は HDD を少し空けたので N=884 と 1000 を持ってくる。（N=2000 を持ってきたら full になった……）。
    - 何かどれも途中でおかしくなっているな。要チェックだ。
  - confinement の実装：
    - 目処が付いてきたので code を libstokes/src に移動。
    - 今のところ５種類を実装している： sphere, sphere + hole, cylinder, dumbbell, hex2d.
    - libstokes/test/test-confinement.c を書く。 CF_init() のチェックと、 sphere の場合は確認した。
    - guile interface を書く。
[読書] しばらくきちんと読書していなかったな。
- と、東野圭吾の「レイクサイド」を読み終わって思った。が待てよ、そうそう有栖川有栖の「山伏地蔵坊の放浪」ってのをしばらく前に読んだんだった。それで思ったのだけど、正直に言って私はミステリー好きな人間ではないようだ。トリックにあまり興味がないのかな。というか、あの形式というか体裁に何かマニアックな、閉じた雰囲気を感じた。今回の「レイクサイド」も、こういう素人な私はミステリーだと思ったけど、それだけではないというか、多分ミステリーという形式の方がおまけだったせいか、楽しめた。非マニアックな、読者を限定しない空気というのかな（対比として）。前に読んだ「手紙」よりも個人的にはよかったかな。
- 読書の趣味って、結構子供の頃の経験に依存していると思う（読書に限らないとも思う）。私の個人的な文庫本ブームが盛り上がった頃（小学校高学年か中学のあたりだったかな）まあ順当にアガサ・クリスティとかも読んだと思うけど、そっちには引っかからなかったな。そういえば眉村卓にちょっとはまったような気がする。いわゆるジュナイブルもの。でも話の筋とか全然記憶に残ってないし、多分、今読むとまた違った感じなんだろうな。まあ普通に言って全然読書家ではなかったし、今も全然読書家ではない。

5/13 (Tue)

[phys]ryuon
- WLC:
  - dWLC/noHI-LG - BUE9 での計算：
    - 途中で変な値が紛れ込んでいるように見えた N=136 をやり直してみたが、また変な事になっているみたい。 dt が大きすぎるのかな？
    - stncdump.py の -step option で time もコメントとして表示するようにする。
    - HDD がいっぱいなので、その他の新しい結果は N=400 のみ。こいつもまた途中でおかしな挙動をしている。やっぱり dt が大きいのだろうか？
  - confinement の実装：
    - 平衡状態の次のターゲットとして、少し色気のある話ということで。
    - 実装開始。
      - 簡単なものから実装するのがいいかもしれないが、いつものようにまず本丸（hex2d）を攻めてみる。
      - 悪くなった頭で幾何学をボチボチと。
      - ついでなので dumbbell も組んだ。
      - テストの方法を考えておかないといけない。
    - 関連する文献を漁っておく。
[blog] 「週末婚？」@tatsuru(lc)
- 以下、引用。まず話は「週末婚」について、
  しかし、私が気になるのは、週末婚が夫婦のそれぞれがアクティヴな社会的活動に従事しており、高額の家賃を負担しても十分に単身で生活できる経済力を有しているという条件はかなり不安定なものではないかということである。
  例えば、週末婚配偶者の一方が病気になったり、失職した場合に、他方の配偶者はこれにどう対応するのであろう。
  ……
  週末婚は「強者カップル」においては可能だが、一方の配偶者が弱者になれば破綻の危機に瀕するということである。
  ……
  実情は「弱者の切り捨て」ということである。
  と、前振りがある。その後、
  昔、あるインディペンデントな夫婦を知っていた。夫婦それぞれ仕事を持ち、相当な年収を得て、お互いを束縛せずに、異性関係を含めてかなり自由に活動していた。そういうのもありなのかしらと私は眺めていた。その妻があるとき病気になった。脳内出血で意識を失ったのである。しばらく植物人間状態が続いたあと、夫は妻を実家に送り返した。荷物みたいに。
  という話が来る。そこで「親族」というものについて、
  私たちは必ず年老い、病み、仕事を失い、心身の機能が低下する。親族はそのようなときのための「安全保障」の装置である。だから、私たちは自分の親族のうちに、幼児や老人や病人や障害者をフルメンバーとして受け容れている。私たちはかつて幼児であり、いずれ老人になり、高い確率で病人や障害者になる。そのときの「弱い私」をフルメンバーとして敬意を以て接してくれるような共同体を構築するために、「強い」ときに、持てるリソースの相当部分を彼らのために割くのである。
  
  結婚の誓言は「富めるときも貧しきときも、健やかなるときも病めるときも」という条件を課している。現に、富めるときや健やかなるときに私たちは親族を必要としない。いくらでも友だちがおり、取り巻きがおり、どこでも歓迎されるからだ。しかし、貧しいとき、病めるときには、かつての知友は知らない顔をして通り過ぎてゆき、どこの家のドアも開かない。親族はそのようなrainy day のためのものである。貧しいとき、病めるときでも、親族は見捨てない。
  と来る。それで最後の締めが、
  そのことを知っていたからこそ、さきほど例に挙げた夫は昏睡状態の妻をその「親族」に送り返したのである。
  と。ここまでフムフムと読んでいたのだけど、この一文で突然、樹さんが何を言いたいのかよく分からなくなってしまった。この夫は、弱者を切り捨てた人間なのか、それとも強いときに自分の持てるリソースを割いて親族を構築していた人間なのか。もちろん、ここには書かれていないことが沢山あって、後者であるという可能性もあるんだろうが。
- 「強者カップル」的な、苦労知らずな能天気人間が周りにいたら困るなあと思う。が、苦労もすればいいという訳ではないことも知っている。苦労が悪い方に出る人ってのも結構いるからなあ。苦労を経験としてよい方向に出せる人間になりたいものだと思う。それから、「強者」選抜的な枠組みではない（つまり競争的ではない）前進というか進歩というか、そういうことについても、何か有意義に実現できないものだろうか、と。

5/12 (Mon)

[monton]今日のモンちゃん。
- 前回の件（5/1/2008）。あちらでの確認作業が終わって、今日無事にモンちゃんにマイクロ・チップが埋め込まれた（文字通り「埋め込む」って感じ。針と呼べないような太い針で背中の皮下にブスっと）。
- これでモンちゃんが家から逃亡したとしても大丈夫だ。
- 合わせて注射をしたので、今日は一日様子を見る。
[phys]ryuon
- WLC:
  - FENE 用の EV の SCM parser を実装。
    - EV なしの場合は空の list を与えるようにしているのだけど、それだと warning を出すのがみっともないので。
    - 同様な振る舞いは、粒子半径と slip length にもある。こいつらはまた時間があるときに。
  - EV for FENE の debug:
    - EV を入れても結果が全然変わらないので、チェック。
    - 紙の上の式と実装でまたまたスケーリングが混乱しまくっている。
      - ノート（WORK/tex/note/20070507-dna/dna.tex）を整理する。
      - そのように実装する。
    - 根本的な間違いを発見。 bonds->fene の 0 と 1 を取り違えていた。（自分で決めておいてこれだからな……）
  - noHI-EV シリーズを計算：
    - 分布は広がった（それらしく）。
    - 拡散係数 D は「全く」変化なし。こういうものか？
    - 緩和時間 Tr は遅くなっている。
  - HI-EV に進んでみよう。
[phys]nanoプロジェクト
- nanoforum からメール。oral で apply してたが poster に回された。まあいいか。
- 経過：
  - 2/19/2008: 参加しましょう。
  - 3/13/2008: registration.
  - 4/3/2008: paperwork.
  - 5/12/2008: posterでaccept.
  - 5/14/2008: paperwork.

5/11 (Sun)

[monton]今日のモンちゃん。
- 今日は比較的涼しかったので、きちんと外に散歩に連れて行った。それでも帰ったらベタっとしていた。これからの季節がちょっと心配だな。
- 久しぶりに風呂に入れた。雪が無くなって、散歩から帰っても放っていたけど、きれいになった姿を見ると、前はやっぱりちょっと汚かったな、と実感した。

5/10 (Sat)

職場のグループで BBQ
- その後、一旦解散してから夜は pub に繰り出す。バスで出たので普通に飲んだ。が、完璧に弱くなったな。あと食いすぎた。

5/9 (Fri)

[phys]ryuon
- WLC:
  - 既存の（基本的な）理論をおさらいするために、また Doi-Edwards を家から持ってきた。
  - FENE の検証：
    - 最初、一般的なパラメータのめどをつける。
    - TP でぼちぼち行ってみる。 N=11 - 201 まで。

5/8 (Thu)

[phys]ryuon
- WLC - また別の bug 疑惑：
  - 未だに code の信憑性に疑いを捨てきれない。今回は noHI と HI の結果の差。
    - 昨日の計算の結果の一部を解析、静的な量は変化なしだが、動的な量で変化があった。
    - このずれは本質的なものだと思っていたのだが、よく見ると、このずれが前にスケーリングの bug を見つけたときと同じ、ちょうど粒子サイズだったから。
  - 最新のコードで確認計算。
    - N を振って挙動を押さえる。
    - N が小さい極限で noHI と HI の一致が見られ、それぞれ別のスケーリングに乗っていることも確認。
    - ということで、今回の差が粒子サイズだったのは偶然だった、つまりたまたま N=20 の点で見ていた、ということで、一件落着。

5/7 (Wed)

[phys]ryuon
- WLC:
  - noHI の bottlenecks（5/3/2008の話）:
    - start-up 時のそれは exclusion list の生成に時間を食っていることが判明。
      - その後の main loop は問題ない performance だ。
      - 目的は近接粒子間の lub を除くためなので、暫定的に noHI の場合か lub なしの時は skip するようにしておく。
    - siPC が遅い件：
      - GSL を使っているのだが、 bottleneck は gsl_multiroot_fsolver_set() という初期化部分だ。何でこいつがこんなに遅いのか分からないが……。
  - stokes3 の dt の意味を変える。
    - これまでは出力間隔だったものを integrator への時間刻みとし、出力間隔は nout というパラメタを導入して指定する。
    - 昔の st!=0 のための ncol は nout で置き換え。
    - これで BD の結果を間引いてファイルを小さくできる。
    - 最初は小手先の修正でごまかそうと思っていたのだが結局、大幅な修正になってしまった。しかし、うまく収まってくれた。
  - 長い DNA の config を作る script を書く。
    - もうそろそろ手で書くのは限界にきたので。
    - とりあえず straight だけだけど、書いた。
  - 長めの dWLC を noHI で、 bue9 に投入しておく。

5/6 (Tue)

[phys]ryuon
- WLC - スケーリングの bug 修正：
  - しかるべく、昨日のノートにしたがって、今度こそ正しく scaling を実装。

5/5 (Mon)

[phys]ryuon
- WLC - スケーリングの bug 修正：
  - これまでの話を tex note (WORK/tex/note/20070507-dna/simple.tex) にまとめる。
  - この過程（これまで曖昧に泥縄で行っていたことを始めから終わりまで通して書くという）で、何と昨日までやっていた修正も間違いであることが発覚したよ、ありゃりゃりゃ……。
  - 5/6/2008: 実装。

5/4 (Sun)

[news] 「クルム伊達がダブルスで優勝／テニス」@yahoo(lc)
- 「伊達、復帰戦ダブルスで優勝」(lc)
- １１年ぶりの復活でこれか。すごいな。
- 「クルム伊達、単は逆転負け／テニス」@yahoo(lc)
- メディアの偏向（話題性に対する）はもう始めから頭に入れるようにしているけど（cf.12/22/2007）、個人的には優勝した人が素晴らしいという事実もきちんと見たい（cf.11/19/2006）。もちろん自分自身、今回の伊達の復活劇がなければ、そもそもカンガルー杯なんて記事を見たりはしなかったが……。このタナスガンさんも３０代で「今大会８年ぶり２度目の優勝」なのか。
- 「＜伊達公子＞復活に「若手だらしない」と強化本部長」(lc)
- スポーツ組織（何とか協会だのというやつ）の、年寄りが偉そうにものを言う体育会系な空気は大嫌いだけど、強化本部長とかいう人（立場上あたりまえな、というかそう言うべき立場の人だけど）が言う「日本のテニス選手はだらしないと言われてもしようがない」というのは正しいよな。その非の何パーセントかは当の「強化本部」にもあるだろうが。

5/3 (Sat)

[phys]ryuon
- WLC
  - スケーリングの bug 修正：
    - dWLC の計算で再検査。
      - 手抜き実装（で overhead があると思うの）だが、 performance にはそれほど影響はない。
  - noHI でチェックしてみようとしたが、 performance が想像以上に悪すぎる。
    - implicit だと、まず徹底的に遅い。
    - explicit でも start-up に時間が非常にかっていて、おかしい。
    - 5/7/2008: とりあえずの処置。
夕食はおよばれ。
- 前回（12/15/2007）はモンちゃんが来たばかりで、私は家でお守りをしていたが、今回は参加。手作りのメキシコ料理が出てきて、お腹いっぱい。食後のデザートも手作り。その後ゲームをしたが、最初は遊び半分だったのが皆途中から真剣になってきて、気が付いたら１０時を回っていた。
- 家に帰ったら、モンちゃんは「今日は愛情不足だった！」と言っていた。

5/2 (Fri)

[phys]ryuon
- WLC - スケーリングの bug 修正：
  - F^B の計算。修正、終了。
  - 4/30/2008: bug 発覚。

5/1 (Thu)

ありゃりゃ、もう５月か。
- いろいろとテンパってきているなあ…… 一つずつ、 tension を落としていくしかないのだろう。
[phys]月刊レポートを書く。
- 男は潔く２枚４ページっと。しかし仕事の方は締切りがあるのに順調に進んでいない、むしろ全てが遅れ気味と、 unhappy な状況。自己管理能力が低いのか（とまあ、いっつもいっつもいっつも言っているけれど）。今日はモンちゃんのアポがあったので、結局これだけ。
- back-numbers:
  - 5/1/2008: ５月号
  - 4/1/2008: ４月号
  - 3/3/2008: ３月号
  - 2/1/2008: ２月号
  - 1/7/2008: １月号
  - これ以前は１２月号のリンクから。
[monton] モンちゃん関係で病院へ。
- 最初は「散歩だー！やったー！！」と大はしゃぎしてたモンちゃん、車から降りた場所に悪い記憶が蘇ってきたか、病院に入るともうジタバタ。まあ何にも覚えてないバカ犬ではないという証拠だが。 routine の計量でお医者さんを目前にしただけで、またいつものごとくチビって弱虫っ子丸出し。
- しかし、不確定要素もあり、結局今日は痛いことは一切なしで帰る。車の中で妙にリラックスしてたモンちゃんであった。
- 5/12/2008: 完了。

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